巧克力囊肿的手术费用主要与手术方法有关。如果是传统操作，价格相对便宜，但事故率高。如果是微创手术，事故率相对较低，但价格比传统手术贵。每个巧克力囊肿患者都应该选择正规医院进行手术。
巧克力囊肿不治疗首先会影响到性生活怀孕导致女性不孕。第二就是月经期会有疼痛。第三个相对是最危险的，因为巧克力囊肿虽然属于子宫内膜异位症的一种但是会有异常的增生、浸润转变为恶性肿瘤的一个风险引发卵巢癌高发，所以综合三点，特别是第三点建议及早进行手术治疗，避免引发严重的并发症不良反应。
所以说一但出现了巧囊，虽然不一定要治疗但是一定要去医院检查，确定巧囊的性质，如果是良性的可以一边调理一边观察，如果有转恶性的趋势一定要及时治疗，已避免加剧病情为后续治疗产生影响。
此疾病指的其实是本应该在子宫里面生活的内膜突然跑到卵巢里面，进一步形成了囊肿。当然，即使它不在子宫里面长大，但还是会因为激素的影响而出现脱落，但不能正常形成月经，那些堆积在卵巢内的陈旧性出血，其颜色与巧克力相似，所以被称为巧克力囊肿。但其实，巧克力囊肿就是子宫内膜异位症。
可采用药物或手术治疗(保守性或根治性)。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。
巧克力囊肿在预防上没有很好的措施，因此育龄期的女性，尤其是准备生宝宝的女性，应该按照周期性的方式到医院进行妇科检查，这样有利于及早的发现病情，及早的治疗。出现病症后也不要觉得是良性的而不予理睬，要根据医生的建议进行适当的治疗。
巧囊怀孕难是许多姐妹的痛点，但一旦怀孕治疗的事，就可以放一放了，因为怀孕是治疗巧囊的最好的方法。怀孕至少一年左右不来月经，再这个时间段里，异位的子宫内膜就不再出血了，巧囊也就慢慢地被身体吸收。同理，子宫内膜异位症，也会因为怀孕而得到缓解，不来大姨妈也就减少了出血概率，子宫内膜异位症也会因此被强有力地遏制!所以，适时怀孕及生育，甚至是“治疗”这种疾病有效和副作用较少的方法。
所以说啊，怀孕确是一个很好的治愈疾病，如果患者能调整好生活习惯和饮食结构，就很有可能让身体状况发生较大转变，这就是有些轻微的疾病会在怀孕期间治愈的原因。但值得注意的是，怀孕也会使一些疾病恶化，甚至引发某些疾病。即使疾病在孕期得到暂时性的**，但要****也是不太可能的。